明朝中叶，皇帝朱历（TAE饰）登基后，处处为太后所钳制，一心想振作朝纲的他微服私访来到民间，巧遇女扮男装的“小华佗”何天心（张娜拉饰），两人一见如故。天心不知道朱历的身份，在他面前大骂当朝天子昏庸无能，朱历反被天心的率直所打动。不久，东厂总管太监李保川家中失窃，这一切正是侠盗“黑蝙蝠”张哲三（高昊饰）所为。

自此朱历与天心、哲三三人结为兄弟，一同对抗包括吏部尚书赵甫高、大太监李保川在内的朝中旧势力。最终在众人的帮助下，朱历战胜了各股恶势力，天心也解开了自己的身世之谜。发现了彼此真实身份的天心和朱历相爱了，但为了继续为百姓解除病痛，天心选择了留在民间，有情人虽天各一方却心心相印。